MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Acidiphilium cryptum JF-5 plasmid pACRY03

Total Repeats: 257

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009469	GCC	2	6	20	25	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_009469	GTT	2	6	166	171	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009469	CGA	2	6	187	192	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_009469	AAG	2	6	221	226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009469	GTA	2	6	242	247	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009469	GTG	2	6	323	328	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009469	CG	4	8	334	341	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_009469	GCG	2	6	360	365	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009469	TTC	2	6	393	398	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_009469	GCC	2	6	436	441	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_009469	CCG	2	6	1076	1081	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_009469	TTG	2	6	1082	1087	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009469	AGT	2	6	1095	1100	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009469	CGT	2	6	1189	1194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_009469	AGC	2	6	2506	2511	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_009469	CCG	2	6	2543	2548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_009469	AT	3	6	2552	2557	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009469	GAGT	2	8	2586	2593	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009469	TCT	2	6	3423	3428	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_009469	TGCGG	2	10	3455	3464	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_009469	AGC	3	9	6058	6066	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009469	GTC	2	6	7315	7320	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009469	AAG	2	6	7335	7340	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009469	GACG	2	8	7469	7476	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_009469	AGG	2	6	7484	7489	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009469	TGC	2	6	8428	8433	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_009469	AGC	2	6	9110	9115	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_009469	CGG	2	6	9185	9190	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_009469	CAC	2	6	9409	9414	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_009469	CAC	2	6	9429	9434	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_009469	GCC	3	9	9440	9448	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_009469	GC	3	6	9565	9570	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_009469	TGA	2	6	9578	9583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009469	TA	3	6	9590	9595	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009469	GGA	2	6	9639	9644	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009469	AG	3	6	12284	12289	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009469	TGA	2	6	12372	12377	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_009469	GCGGT	2	10	12407	12416	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_009469	GTC	2	6	12443	12448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_009469	GGC	2	6	12560	12565	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_009469	GGA	2	6	12570	12575	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009469	C	6	6	12594	12599	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
43	NC_009469	GGC	2	6	12605	12610	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_009469	TGAT	2	8	12627	12634	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009469	TTG	2	6	14658	14663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009469	AGGG	2	8	17002	17009	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009469	CCAG	2	8	17018	17025	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
48	NC_009469	CGCC	2	8	17055	17062	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
49	NC_009469	CCT	2	6	17100	17105	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_009469	CGC	2	6	17109	17114	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_009469	CGG	2	6	17126	17131	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009469	ACC	3	9	17149	17157	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_009469	AGC	2	6	17164	17169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_009469	TTC	2	6	17214	17219	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_009469	CGT	2	6	17244	17249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_009469	CGG	2	6	17309	17314	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009469	AGC	2	6	17349	17354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_009469	CAG	2	6	18792	18797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009469	GCC	2	6	18846	18851	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_009469	GGTC	2	8	18917	18924	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_009469	GGC	2	6	18954	18959	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_009469	CG	3	6	18969	18974	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_009469	CCG	2	6	19043	19048	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_009469	T	8	8	19066	19073	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009469	A	6	6	19076	19081	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009469	TGC	2	6	19159	19164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_009469	GTTG	2	8	19186	19193	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009469	ATT	2	6	19200	19205	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009469	AATG	2	8	19206	19213	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009469	TTG	2	6	19216	19221	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009469	TTC	2	6	19226	19231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009469	TTCT	2	8	19255	19262	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_009469	CATG	2	8	19270	19277	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_009469	ATG	2	6	19291	19296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009469	ATCT	2	8	19391	19398	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_009469	GGC	2	6	19446	19451	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009469	TTC	2	6	19550	19555	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_009469	C	6	6	19564	19569	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
79	NC_009469	CGAG	2	8	23347	23354	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_009469	TGC	2	6	23970	23975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_009469	ATCGT	2	10	24492	24501	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_009469	AGG	2	6	24575	24580	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009469	CGG	2	6	25848	25853	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_009469	TAT	2	6	25855	25860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009469	CAT	2	6	25874	25879	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_009469	GA	3	6	25892	25897	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009469	CGG	2	6	25936	25941	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_009469	GGC	2	6	26027	26032	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_009469	GC	3	6	26053	26058	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_009469	ATC	2	6	26076	26081	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_009469	T	7	7	29398	29404	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009469	TACCA	2	10	33439	33448	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_009469	CGG	2	6	33498	33503	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_009469	ACC	2	6	33511	33516	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_009469	CG	3	6	33543	33548	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
96	NC_009469	CCG	2	6	33720	33725	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_009469	CGC	2	6	33737	33742	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_009469	TTC	2	6	34535	34540	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_009469	T	7	7	34569	34575	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009469	TA	3	6	34592	34597	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009469	T	8	8	34641	34648	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009469	CGC	2	6	34681	34686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_009469	GCG	2	6	34746	34751	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_009469	GCCAG	2	10	34791	34800	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_009469	GGGA	2	8	34835	34842	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009469	GTT	2	6	34853	34858	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009469	CTG	2	6	34864	34869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_009469	TTAG	2	8	35975	35982	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009469	CCT	2	6	35989	35994	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_009469	TGT	2	6	36234	36239	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009469	CAC	2	6	36253	36258	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_009469	CAT	2	6	37672	37677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_009469	CCA	2	6	37683	37688	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_009469	ACG	2	6	37727	37732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_009469	AAT	2	6	37781	37786	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009469	TGT	2	6	41773	41778	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009469	CGA	2	6	41784	41789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_009469	GCA	2	6	41808	41813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_009469	GCT	2	6	42594	42599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_009469	CCA	2	6	42621	42626	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_009469	CG	3	6	42657	42662	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_009469	GAT	2	6	42664	42669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009469	TCC	2	6	42693	42698	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_009469	CG	3	6	42769	42774	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_009469	TTG	2	6	42796	42801	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009469	TCGG	2	8	42811	42818	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
127	NC_009469	TGCGG	2	10	42851	42860	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
128	NC_009469	TCT	2	6	42868	42873	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_009469	AACCG	2	10	42886	42895	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_009469	ATC	2	6	42927	42932	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_009469	C	6	6	42961	42966	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
132	NC_009469	TGA	2	6	43002	43007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009469	GGC	2	6	43018	43023	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_009469	CG	3	6	43027	43032	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_009469	CGG	2	6	43089	43094	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_009469	CGC	2	6	45619	45624	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_009469	GGC	2	6	45652	45657	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_009469	CG	3	6	45683	45688	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_009469	CAT	2	6	45698	45703	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_009469	AAG	3	9	45775	45783	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009469	AT	3	6	46489	46494	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009469	ATG	2	6	47249	47254	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_009469	ATT	2	6	48331	48336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009469	TAT	2	6	48386	48391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009469	GCT	2	6	48440	48445	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_009469	AT	3	6	48462	48467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009469	T	6	6	48472	48477	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_009469	CCT	2	6	48485	48490	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_009469	CGC	2	6	51584	51589	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_009469	CG	3	6	51611	51616	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_009469	ATTC	2	8	51633	51640	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_009469	AACG	2	8	51677	51684	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
153	NC_009469	CGAT	2	8	51724	51731	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
154	NC_009469	GCC	2	6	51761	51766	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_009469	GCA	2	6	51780	51785	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_009469	TCA	2	6	56503	56508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_009469	TAC	2	6	56553	56558	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_009469	GTT	2	6	56659	56664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_009469	GGC	2	6	56666	56671	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_009469	CAA	2	6	56675	56680	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_009469	TGT	2	6	57632	57637	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_009469	CCG	2	6	57775	57780	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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165	NC_009469	TTG	2	6	67942	67947	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
166	NC_009469	ACA	2	6	67958	67963	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_009469	CCCA	2	8	67979	67986	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
168	NC_009469	CAT	2	6	70442	70447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_009469	TGC	2	6	70474	70479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_009469	GCG	2	6	70480	70485	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_009469	A	8	8	70508	70515	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_009469	GGA	2	6	70582	70587	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
173	NC_009469	TCC	2	6	70617	70622	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
174	NC_009469	AG	3	6	70665	70670	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
175	NC_009469	ACCAA	2	10	70684	70693	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
176	NC_009469	AGA	2	6	70717	70722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
177	NC_009469	TGGTGT	2	12	70743	70754	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
178	NC_009469	T	6	6	70789	70794	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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180	NC_009469	TAAT	2	8	70870	70877	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_009469	GCT	2	6	70878	70883	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_009469	CTG	2	6	70886	70891	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_009469	GTT	2	6	70912	70917	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
184	NC_009469	TCC	2	6	70971	70976	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
185	NC_009469	GCA	2	6	71005	71010	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_009469	ACG	2	6	71212	71217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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188	NC_009469	TAG	2	6	72309	72314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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190	NC_009469	GGC	2	6	72524	72529	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
191	NC_009469	ATT	2	6	72606	72611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_009469	A	6	6	72644	72649	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_009469	C	6	6	72658	72663	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
194	NC_009469	TC	3	6	72689	72694	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
195	NC_009469	GCA	2	6	73393	73398	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
196	NC_009469	T	6	6	73406	73411	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_009469	GCA	2	6	73543	73548	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
198	NC_009469	AGTC	2	8	75818	75825	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
199	NC_009469	CGCGG	2	10	75843	75852	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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201	NC_009469	A	7	7	75869	75875	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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238	NC_009469	TG	3	6	86859	86864	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
239	NC_009469	CAG	3	9	86894	86902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
240	NC_009469	GC	3	6	86914	86919	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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251	NC_009469	CCA	2	6	87277	87282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
252	NC_009469	GCC	2	6	87579	87584	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
253	NC_009469	CT	3	6	87593	87598	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
254	NC_009469	TGA	2	6	87654	87659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
255	NC_009469	TCCG	2	8	87751	87758	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
256	NC_009469	TCA	2	6	87778	87783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
257	NC_009469	GTAACG	2	12	87803	87814	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.